Женя! Привет! Закончил эпопею с SIEMENS MS 41.0 и вот что нашел. Движок вяло заводился, имелась ошибка по ДПКВ и ДМРВ. Подключаю осциллограф к ДПКВ и наблюдаю отсутствие импульсов при запуске двигателя....! Вот как! Удивляюсь конечно, но мотор работает! Поднимаю обороты до 1700 - импульсы появляются!  Проверяю шкив - зазор норма, эллипса нет, "восьмерки" нет, в намагниченность не верю, хотя теоритически допускаю.Далее отключаю ДПКВ совсем - реакция двигателя такая-же. Отключаю датчик фаз - распредвала и тут-то он заглох и заводиться перестал. Ну понятно, разработчики прошили в ЭБУ программу аварийной работы двигателя, которая при отказе ДПКВ опирается на показания датчика фаз. Причем датчик фаз индукционного типа, а ДПКВ электронного типа, с элементом ХОЛЛА. Напоминаю двигатель М52В25. Встаю осциллографом на датчик фаз при Х.Х. двигатель глохнет. Связываю это с тем, что датчик индукционного типа и на Х.Х. развивает малую Э.Д.С. и соответветсвенно амплитуду сигнала, а у осциллографа меньше необходимого входное сопротивление + щуп вносит помеху в сигнал. Питание на ДПКВ стабильное +5V. Меняю ДПКВ на новый - сигнал с запуска, мотор работает ровно! Выводы: 1. На MS41.0 искра при запуске без ДПКВ есть.
2. У старого ДПКВ снизилась чувствительность - нахрен его. 3. Ошибка по ДМРВ связана
с неисправностью ДПКВ - поток массы воздуха есть, а обороты - 0!
В отношении твоего MS.40.1 попробуй проверить не просто метки, а метки в соответствии
к положению переднего шкива с него ДПКВ импульсы читает. Возможно шпонку срезало
и шкив проворачивается занимая произвольное положение? Еще помнится мне болезнь
старая Е34 - плохой дренаж отсека упр. электроники. Может когда-нить уровень воды
достал блоки и подмочил слегка, а теперь проявилось. Вскрой DME проверь. Вообще
при запуске бензонасос работает? - он привязан к ДПКВ нет импульса -  нет вкл. бензонасоса. Схему MS 40.1 выложенную тобой посмотрю с интересом. 

Женя! По MS 41.0 он стоит на Е39 имеется иммобилайзер на пробу ставить только с ним, еще нужно извлекать из ключа машины "донора" чип-транспордер и менять на твой, если у тебя стоит тоже иммобилайзер. Вообще я считаю что они не взаимозаменяемы. Если бы шпонку срезало он независимо от коленвала тем более от руки не будет проворачиваться.
И сколеном от ключа проворачиваться должен, ты -же через болт передаешь усилие на вал. Шкив может смешаться на небольшой угол и этого вполне достаточно для проблемного пуска и работы. И так по чуть-чуть. Ну а если от руки вращяется то это требуется уже не просто замена шпонки, а ремонт- паз шпоночный разбиться может.
Ты метки на распедвале + коленвале + пропуск 2 зубьев на шкиве на совпадение проверял? Может и хлопотно, но зато хорошо помогает. Насос качает во время кручения коленвала? Если да то сигнал с ДПКВ читается DME. Причина не в искре? И не в подаче
топлива? Его давление в рампе какое? Ксмпрессия? Встречалось 3 раза люди заправлялись не понять чем и на утро после охлаждения двигателя он уже не заводился - залегали кольца от суррогата и компрессия 3-4 очка. Был и совсем экзотический случай - цепь перескочила на 2 зуба на распредвале по впуску, причину не стали искать - владелец торопился.Смотреть нужно возможно не 1 раз совпадение меток после кручения коленвала
это я про шпонку и шкив. И попробуй расшифровать ошибку по DME и исправить возможные причины отсутствия запуска со стороны электрики, может не придется и в механику лезть.

Приехал Юрка со своими мозгами,поменяли не завелась,поставили мои мозги к нему,тоже не завелась,схватывает но не заводится. 
Решили поменять катушки, поменяли,заодно и свечи.....завелась:-)
Сильно не смеяться:-) дело было в свечах,пойду выпью йаду

Да... Дело было в свечах, подтверждаю!

а ошибку карсофт вообще никак не расшивровывал и ее код не выдавал,просто пишет ошибка и привет, а какая типа ищи сам.  У Юрки когда тестили мозг тоже самое было, видимо карсофт плохо работает с сименсом. Вот соберу унискан тогда посмотрим как он к сименсу относится.

На лобовой крышке или кожухе ремня ГРМ, в непосредственной близости с демпфером(рабочим колесом).

Какая машина и какой двигатель, какой год? Возможен вариант, что на маховике.