заполнить систему это пол дела так скажем. проверить надо все сливы влаги с испарителей и осушителей. а также заменить фильтр салона и сделать чистку испарителя. Очень часто бывает, что на испарителе просто шуба грязи и пыли. Короче прикупите новый фильтр и купите в магазине средство для чистки системы. разбрызгивают его вроде в систему забора воздуха.

Ну и ещё одна проблема которая имеет место быть, я правда не знаю есть ли на Е-39 кузове такой девайс как клапана печки, ну а если есть то вполне возможно что они попросту заклинили или прикипели и не закрывают подачу горячей ОЖ в радиатор печки. Вот и получается что паралельно печка испытывает два температурных стресса от фреона и от горячего антифриза. Это тоже самое что анекдот: "а давай положим калорифер в холодильник обоих включим и посмотрим кто выйграет".
Проверить эту беду можно очень просто - т.е. на ощуп, надо поставить климу на холод и поездить немного, затем потрогать два шланга которые идут от клапанов печки к радиатору печки, они должны быть холодными, если они горячие, то клапана ваши умерли и нуждаются в ремонте или неисправна проводка управляющая этими клапанами...